目前病因尚不明確，大致與下列因素有關：

1．生活事件和人格特征：強迫癥與遺傳因素、個性特點、不良事件、應激因素等均有關系，尤其與患者的個性特點緊密相關，比如：過分追求完美、猶豫不決、謹小慎微、固執（強迫型人格）等，具備這些不良個性特征容易患強迫癥。

2．生化:有不少證據支持強迫癥患者有5-HT功能異常。研究表明強迫癥患者的神經-內分泌系統功能紊亂，造成神經遞質失衡，從而出現各種強迫癥狀。研究發現強迫癥患者體內往往會有5-HT(5-羥色胺)、DA（多巴胺）、 Sigma（西格瑪）受體以及中樞谷氨酸能神經元功能障礙，而抗強迫藥可使失衡的神經遞質趨向正常，從而使強迫癥狀改善。然而，研究結果的不一致性及作用于強迫癥患者5-HT系統的各種藥物的效果不一，提示強迫癥是一種在病理生理方面具有異源性的一種障礙。多巴胺和膽堿能系統可能也參與了部分強迫癥病人的發病。

3．腦病理學:現代腦影像學研究發現，強迫癥患者可能存在涉及額葉和基底節的神經回路的異常：基底節存在一個對初始刺激認知和行為釋放機制,感覺刺激從感覺器官到皮質，然后到紋狀體，如果感覺刺激與紋狀體中儲存的信息內容相一致，那么就發生對感覺輸入的正常反應；然而，如果感覺輸入信息起源于前扣帶皮質，這部分皮質能在沒有適當感覺刺激的情況下引起行為反應，就發生強迫行為。

4．心理學理論:行為主義理論認為強迫癥是一種對特定情境的習慣性反應。強迫行為和強迫性儀式動作被認為是減輕焦慮的手段，由于這種動作僅能暫時的減輕焦慮，從而導致了重復的儀式行為的發生。