從胎兒到18歲以前影響中樞神經系統發育的因素都可能導致精神發育遲滯，包括生物學因素和社會文化因素，多數患者以生物學因素為主，以社會文化因素或兩者兼有者為少數。在精神發育遲滯中約半數患者能夠發現明確的生物學病因，且多是中度以上智力損害者，而在輕度患者中絕大多數雖然以生物學病因為主，但卻難以查出確切的病因。目前已明確的病因主要有以下幾個方面。

1．遺傳因素 染色體異常：常染色體和性染色體的單體型、三體型、多倍體等染色體數目異常。染色體的倒位、缺失、易位、重復、環形染色體和等臂染色體等結構異常。導致精神發育遲滯的常見原因有：唐氏綜合征（Down’s syndrome，先天愚型）是G組第21對染色體三體型，先天性卵巢發育不全（Turner’s syndrome）為女性缺少1條X染色體，先天性睪丸發育不全（Klinefelter’s syndrome）是男性X染色體數目增多，脆性X染色體綜合征（fragile X syndrome）患者X染色體長臂末端Xq27和Xq28上有脆性位點。

2．遺傳代謝性疾病 DNA分子結構異常使機體代謝所需酶的活性不足或缺乏，導致遺傳代謝性疾病。其中苯丙酮尿癥、半乳糖血癥、戈謝氏?。?/span>Gaucher’s syndrome，高雪氏?。?、家族性黑朦性癡呆、脂質沉積癥、粘多糖病、腦白質營養不良等常見。

結節性硬化、神經纖維瘤、Sturge-Weber綜合征、萎縮性肌強直癥、先天性甲狀腺功能低下、著色性干皮病等疾病均導致精神發育遲滯，病因與遺傳有關。

此外，少數精神發育遲滯為多基因遺傳，即在多個基因的累積效應基礎上，加上環境因素的影響所致。

3．先天性顱腦畸形 常見如家族性小腦畸形、先天性腦積水、神經管閉合不全等疾病。

4．圍產期有害因素 感染：母孕期各種病毒、細菌、螺旋體、寄生蟲等感染，如巨細胞病毒、風疹病毒、流感病毒、肝炎病毒、HIV病毒、弓形蟲、梅毒螺旋體等。

（1）藥物：很多藥物可導致精神發育遲滯，特別是作用于中樞神經系統、內分泌和代謝系統的藥物，以及抗腫瘤和水楊酸類藥物。

（2）毒物：環境、食物和水被有害物質污染，如鉛、汞等。

（3）放射線和電磁波

（4）妊娠期疾病和并發癥：孕婦患各種疾病，如糖尿病、嚴重貧血、腎臟病、甲狀腺疾病等，先兆流產、妊娠高血壓、先兆子癎、多胎妊娠等。

（5）分娩期并發癥：前置胎盤、胎盤早期剝離、胎兒宮內窘迫、臍帶繞頸、產程過長、產傷、早產等使胎兒顱腦損傷或缺氧。

（6）母親妊娠年齡偏大、營養不良、抽煙、飲酒，遭受強烈或長期的心理應激產生持續的情緒抑郁、焦慮等都可能與精神發育遲滯有關。

（7）新生兒疾?。何闯墒靸?、低出生體重兒、母嬰血型不合所致核黃疸、新生兒肝炎、新生兒敗血癥、胎兒顱縫早閉等。

5．出生后因素 大腦發育成熟之前各種影響大腦發育的疾病以及早期缺乏文化教育都可能導致精神發育遲滯。

（1）腦損傷：腦炎、腦膜炎等中樞神經系統感染，顱內出血，顱腦外傷，腦缺氧（溺水、窒息、一氧化碳中毒、長時間呼吸困難），甲狀腺功能低下，重度營養不良等。

（2）環境因素：聽覺或視覺障礙、貧困、與社會隔離等因素使兒童缺乏接受文化教育或人際交往機會，影響智力發育。